W dniu 20 marca 2009 r. Warszawska Kolej Dojazdowa sp. z o.o. w ramach procedury otwartego naboru wniosków dla obszaru tematycznego  „Odbudowa, remont, przebudowa i rozbudowa podstawowej infrastruktury oraz Poprawa stanu środowiska - cel 3 Poprawa zarządzania, bezpieczeństwa, wydajności i niezawodności lokalnych/regionalnych publicznych systemów transportowych” złożyła w siedzibie Władzy Wdrażającej Programy Europejskie Zarys Projektu dla przedsięwzięcia pt. „Rozwój systemu publicznego transportu pasażerskiego w aglomeracji warszawskiej poprzez zwiększenie wydajności, niezawodności i bezpieczeństwa Warszawskiej Kolei Dojazdowej” planowanego do współfinansowania ze środków Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy.

Tego samego dnia zakończył się nabór wniosków dla ww. obszaru tematycznego, jak również dla obszaru pt. ”Bioróżnorodność i ochrona ekosystemów oraz wsparcie transgranicznych inicjatyw środowiskowych”. Łącznie w wyznaczonym okresie naboru (rozpoczętym w dniu 19 stycznia 2009 r.) wpłynęło 41 wniosków.

W obszarze dotyczącym publicznych systemów transportowych złożono ogółem 11 wniosków, natomiast w przypadku obszaru dotyczącego bioróżnorodności do Instytucji Pośredniczącej (Władzy Wdrażającej Programy Europejskie) wpłynęło 30 wniosków (wyłącznie obszar koncentracji geograficznej). Wnioski zostały skierowane do oceny formalnej dokonywanej przez Instytucję Pośredniczącą – Władzę Wdrażającą Programy Europejskie.